인간 프로테옴 확장, 35억 개 MS/MS 스펙트럼 기반 PeptideAtlas 구축
비-HLA 및 HLA 펩타이드 데이터 통합으로 인간 단백질체 지도 정밀도 향상
- •35억 개의 MS/MS 스펙트럼을 포함하는 인간 비-HLA PeptideAtlas 2023-06 빌드가 구축되었다.
- •MSFragger v.3.7을 활용해 7,264개의 Ribo-seq ORFs를 포함한 정밀한 서열 검색을 수행했다.
- •HLA 펩타이드 빌드는 2억 4,000만 개의 스펙트럼을 포함하며 면역 펩타이드 연구의 기반을 제공한다.
인간 단백질체(Proteome)의 구조와 기능을 규명하기 위한 대규모 데이터베이스 구축이 완료되었다. 이번에 구축된 인간 비-HLA(non-HLA) PeptideAtlas 2023-06 빌드는 295개의 ProteomeXchange 데이터셋(PXDs)을 포함하며, 이를 1,17개의 개별 실험으로 세분화하여 총 35억 개의 MS/MS(질량 분석/질량 분석) 스펙트럼을 확보했다.
단백질체 데이터베이스 구축의 기술적 상세
이번 데이터베이스 구축 과정에서는 정밀한 서열 데이터베이스 검색을 위해 MSFragger(v.3.7) 소프트웨어가 사용되었다. 각 데이터셋의 특성에 맞춰 알킬화(alkylation), 라벨링(labelling), 단편화 유형(fragmentation type), 분석 장비 및 농축 전략(enrichment strategy) 등 다양한 검색 파라미터를 적용했다. 특히 모든 데이터셋은 준-효소적(semi-enzymatic) 설정, 그중에서도 주로 준-트립틱(semi-tryptic) 방식을 사용하여 검색되었다.
검색에 사용된 데이터베이스는 2023년 2월의 THISP 레벨 4 데이터베이스를 기반으로 하며, 여기에는 7,264개의 리보솜 프로파일링(Ribo-seq) 오픈 리딩 프레임(ORFs)과 번역 가능성이 있는 기타 기여 서열들이 포함되어 있다. 변이 분석을 위해 메티오닌 산화(methionine oxidation), 단백질 N-말단 아세틸화(protein N-terminal acetylation), 글루탐산 또는 글루타민으로부터의 펩타이드 N-말단 피로글루탐산(pyro-glutamic acid) 형성, 아스파라긴 및 글루타민의 탈아미드화(deamidation)와 같은 일반적인 인위적 변이(artifactual variable modifications)를 적용했다. 알킬화 변이는 카바미도메틸화된 시스테인(carbamidomethylated cysteine)을 고정 변이로 설정했다.
HLA 펩타이드 데이터의 통합 및 검증
인간 HLA(Human Leukocyte Antigen) 펩타이드 분석을 위한 202MS-11 빌드 역시 구축되었다. 이 빌드는 118개의 HLA 면역 펩타이드 농축 공개 데이터셋(PXDs)을 포함하며, 이를 592개의 개별 실험으로 나누어 분석했다. 해당 데이터셋은 9,776개의 MS 런(runs)에서 추출된 2억 4,000만 개의 MS/MS 스펙트럼을 포함하고 있다. HLA 펩타이드는 트립틱 펩타이드의 전형적인 특징인 강한 y-이온(y ions) 대신, 강한 b-이온(b ions)과 내부 단편화 이온(internal fragmentation ions)을 나타내는 경우가 많아 분석 시 주의가 요구된다.
결과에 대한 통계적 검증은 Trans-Proteomic Pipeline(TPP) v.7.0의 PeptideProphet, iPropiment, PTMProphet 도구를 통해 수행되었다. 검증된 결과는 알려진 변이를 고려하여 ProteoMapper를 통해 인간 프로테옴에 매핑되었으며, ENSEMBL 툴킷을 사용하여 게놈(genome)에 매핑되었다. 구축된 데이터셋의 전체 목록과 검색 결과 요약은 PeptideAtlas 온라인 플랫폼을 통해 확인할 수 있다.
데이터 구축 요약
| 구분 | 비-HLA(non-HLA) 빌드 (2023-06) | HLA 빌드 (2023-11) |
|---|---|---|
| 데이터셋 수 | 295 PXDs | 118 PXDs |
| 실험 단위 수 | 1,172개 실험 | 592개 실험 |
| MS/MS 스펙트럼 수 | 35억 개 | 2억 4,000만 개 |
| 주요 특징 | 준-트립틱(semi-tryptic) 검색 적용 | HLA 면역 펩타이드 농축 데이터 중심 |
이번 구축 작업은 인간 단백질체의 구성 요소를 더욱 정밀하게 파악할 수 있는 기반을 마련했다. 구축된 데이터베이스의 상세 수치는 Supplementary Table 15와 16에 명시되어 있으며, 이는 FDR(False Discovery Rate) 지표와 함께 제공된다.
스페셜 더보기
최신 뉴스
젤렌스키, 러시아 공중에 드론 경고
젤렌스키, 러시아 공역이 드론으로 인해 안전하지 않다고 경고 우크라이나, 러시아 에너지 및 물류 시설에 장거리 드론 공격 확대 푸틴, 우크라이나 경고를 '국가 테러'로 규정하고 공격 강화 예고 우크라이나 대통령 젤렌스키는 2026년 9월 2일 오후 연설에서 러시아 공역이 점점 더 위험해지고 있다고 경고했다. 그는 모든 항공사, 보험사, 러시아 주요 공항을 이용하는 기관에 대해 "러시아 공역은 완전히 안전하지 않다"고 명시했다. 이는 우크라이나가 러시아 내 에너지 시설과 물류 기지에 장거리 드론 공격을 확대하면서 발생한 결과다. 젤렌스키는 러시아 공역에 드론이 기존보다 훨씬 더 빈번하게 출현할 것이라며, 항공기 운항 시 이를 반드시 고려해야 한다고 강조했다. 특히 모스크바, 상트페테르부르크 등 주요 도시로 향
독일, 루스라의 공격적 행위에 대응해 대규모 제재 발표
독일은 레히지그 공항에서 폭발 위협 드론이 발견된 사건을 러시아 정부의 지시에 따른 것으로 판단하고, 러시아 문화센터 계약 해지 및 외교 기관 압박 조치를 발표했다. 러시아 대통령 푸틴은 독일의 조치를 '심각한 실수'로 평가하며, 증거 부족을 이유로 비판했고, 러시아는 동일한 방식의 보복을 예고했다. 독일 정부는 러시아의 하이브리드 공격에 대한 경고를 명확히 하고, 정보기관 역량 강화를 통해 지속적인 대응을 준비 중이다.
조지 클루니, 베니스 영화제에서 수상
조지 클루니는 베니스 영화제에서 평생 공로상을 수상했다. 다니엘 보일 감독의 '잉크'는 1969년 러퍼트 머독스가 '더 선'을 인수한 과정을 다룬다. 영화제는 여성 감독의 부재 문제를 공식적으로 인정하며 성평등 개선을 촉구했다. 베니스 영화제는 9월 2일 수요일, 조지 클루니가 평생 공로상을 수상하는 가운데 개막했다. 클루니는 아내 암알 클루니와 함께 수상식에 참석했으며, 이날 행사에서 그는 할리우드의 인공지능 �revoluion과 파라마운트-워너 브라더스 합병 논의, 미국 내 언론과 권력의 상태에 대해 언급했다. 그는 또한 영화 산업이 생존 방안을 찾아야 한다고 강조했다. 이날 개막작으로는 다니엘 보일 감독이 제작한 '잉크(Ink)'가 상영됐다. 이 영화는 1969년 러퍼트 머독스가 영국의 보도지 '더 선
오픈AI, 보안 공격 모델 아스트라 공개
오픈AI는 보안 공격 능력을 갖춘 인공지능 모델 아스트라를 공개했다. 아스트라는 제로데이 보안 결함을 스스로 탐지하고, ExploitBench에서 완벽한 점수를 기록했다. 모델은 초기에 제한된 테스터 그룹에만 공개되며, 외부 검증은 아직 이뤄지지 않았다. 오픈AI는 새로운 인공지능 모델 아스트라(Astra)가 컴퓨터 시스템의 미지의 보안 결함을 인간 개입 없이 식별하고 공격할 수 있다고 발표했다. 이 모델은 오픈AI의 '준비성 프레임워크(Preparedness Framework)'에서 정의한 '핵심 보안 기능' 기준을 처음으로 충족한 것으로 평가받고 있다. 이 발표는 2026년 9월 2일에 공식적으로 이루어졌으며, 관련 정보는 iHeartRadio의 보도 자료를 통해 확인됐다. 아스트라의 개발 과정은 기술적
이집트 시나이반도 버스 추락 사고로 22명 사망
이집트 시나이반도의 다바브와 누웨이바를 연결하는 도로에서 버스 추락 사고 발생, 최소 22명 사망. 사고 버스에는 총 43명이 탑승했으며, 이 중 22명이 요르단 국적자로 확인됐다. 10명의 요르단인과 12명의 이집트인이 사망했으며, 28명이 부상했다. 이집트의 시나이반도에서 버스가 추락해 최소 22명이 사망하고 28명이 부상을 입었다. 사고는 이집트 동부 시나이반도의 레드시아 해안에 위치한 다바브와 누웨이바를 연결하는 도로에서 수요일 오전 발생했다. 사고 현장에는 20대 이상의 구급차가 급파되어 부상자들을 인근 병원으로 이송했다. 이집트 보건부는 사고 발생 직후 20대 이상의 구급차를 현장에 파견해 응급 조치를 취했다고 밝혔다. 사고 버스는 총 43명을 태우고 있었으며, 이 중 22명이 요르단 국적자로 확
플로렌스 퓨, '이스트 오브 에덴'에서 악역의 정점 포착
넷플릭스는 10월 1일에 조 카잔이 각본을 쓴 7부작 한정 시리즈 'East of Eden'을 공개한다. 플로렌스 퓨가 캐시 암스 역을 맡아 악역의 심리적 복잡성을 연기한다. 이번 작품은 1955년 엘리아 카잔 감독 영화판 이후 두 번째 대규모 리메이크다. 넷플릭스는 9월 2일, 조 카잔이 각본을 쓰고 공동 제작자로 참여한 7부작 한정 시리즈 'East of Eden'의 전체 트레일러를 공개했다. 이 작품은 존 스타인벡이 1952년에 발표한 대작 소설을 기반으로 하며, 플로렌스 퓨가 주인공 캐시 암스를 연기한다. 캐시 암스는 트랙스 형제인 아담(크리스토퍼 애벗)과 찰스(마이크 페이스트)의 삶을 뒤흔드는 인물로, 처음으로 그 집에 피로 뒤덮인 채로 들어와 형제 간의 유대를 무너뜨린다. 아담은 그녀가 방을 거의
다니 세바요스, 베티스로 복귀
다니 세바요스는 2026년 9월 2일, 레알 마드리드에서 베티스로 이적하며 9년 만에 복귀했다. 베티스는 세바요스 외에도 트로이 파로트, 프란 곤잘레스, 파스쿠알 벌라르, 디에고 콘데 등 총 5명의 신입 선수를 영입했다. 이적은 베티스의 2026-2027 시즌 리그 챔피언스리그 복귀를 위한 전술적 준비의 일환으로 진행됐다. 다니 세바요스는 2026년 9월 2일, 레알 마드리드에서 베티스로 이적하며 9년 만에 클럽로 복귀했다. 이적은 베티스의 2026-2027 시즌을 앞두고 공식 발표됐으며, 세바요스는 2029년까지 계약을 체결했다. 이는 베티스가 펠레그리니 감독의 7번째 시즌을 맞아 리그 챔피언스리그 복귀를 준비하는 가운데, 핵심적인 마무리 이적으로 평가된다. 세바요스의 이적은 이적 시장의 마지막 순간, 즉
USS 에이브러햄 링컨, 태국 파타야 도착
USS 에이브러햄 링컨이 286일간의 항해 끝에 태국 파타야의 렘 차방 항구에 도착했다. 5,000명의 아메리칸 해군 병력이 5일간의 리버티 포트 콜을 통해 지역 경제에 기여할 전망이다. 파타야는 해군 병력의 방문을 계기로 관광 산업과 서비스 산업의 활성화를 기대하고 있다. USS 에이브러햄 링컨이 태국 파타야의 렘 차방 항구에 드디어 정박했다. 이는 286일간의 항해와 250일간의 항해 중 포트 정박 없이 이어진 기록적인 여정을 마친 후의 결과다. 해군은 이번 정박을 '리버티 포트 콜(liberty port call)'로 명명하며, 5,000명의 승무원이 파타야에서 휴식과 재충전의 기회를 갖게 될 것이라고 밝혔다. 파타야는 동부 태국 해안에 위치한 주요 관광 도시로, 렘 차방 항구에서 방콕 시내까지 약 1
